Trong thời gian cai trị của Giáo hoàng Innôxentê III, dị giáo Cata (Cathare) tiếp tục phát triển. Giáo hoàng Innocent III đã lên tiếng một cách thẳng thắn. Năm 1199, ông viết: "Chúng ta hãy liên kết với mọi dân tộc, để chuẩn bị một lực lượng chống lại lạc giáo...". Đã có nhiều biện pháp được dùng để giữ cho tôn giáo mới không mở rộng.

Trước hết là các cuộc thập tự chinh do các Giáo hoàng kêu gọi và do vua Pháp cùng các lãnh chúa miền bắc tiền hành. Mở đầu năm 1209, nghĩa là sau khi xảy ra vụ khâm sai Pierre de Castelnau bị ám sát năm 1208.

Lời kêu gọi của Giáo hoàng Innocent III không kém gì lời hô hào binh thánh giá đi cứu đất thánh: "...Ta thuận ban cho tất cả những ai tham gia cuộc thánh chiến này để bảo vệ đức tin, một ân xá mà ta vẫn ban cho các kẻ hành hương viếng đền thánh Phê-rô tại Rô-ma hoặc Thánh Giacôbê thánh Compostella". [2]

Cuộc thập tự chinh này còn tàn khốc hơn cả những cuộc thập tự chinh sang đất thánh. Nó tiếp tục với nhiều thăng trầm cho tới năm 1229 khi hòa ước Paris được ký, theo đó vua Pháp được chiếm một phần lớn xứ Languedoc.